1、《敦煌吐鲁番文书初探》（一二编），获首届国家教委全国高等学校人文社会科学研究优秀成果奖一等奖，1995年12月；获湖北省首届社会科学优秀成果省级（著作类）荣誉奖，1995年6月。

　　2、《魏晋南北朝隋唐史三论》，获首届国家教委全国高等学校人文社会科学研究优秀成果奖一等奖，1995年12月；获第二届国家图书奖提名奖，1995年12月；获国家教委第二届全国高等学校出版社优秀学术著作奖特等奖，1995年11月；

　　3、《唐代人口问题研究》，获湖北省人文社科优秀成果奖（政府奖）三等奖，1995年；

　　4、《斯坦因所获吐鲁番文书研究》，获教育部第二届人文社会科学研究成果奖二等奖，1998年12月；

　　5、《吐鲁番出土文书》（1-4卷），获国家社科基金项目优秀成果奖一等奖，1999年9月；获第三届国家图书奖提名奖，1997年8月；

　　6、《中国政治制度通史》（10卷，白钢主编，本所黄惠贤教授撰写第四卷，排名第三），获国家社科基金项目优秀成果奖一等奖，1999年9月；获第三届国家图书奖，1997年8月；

　　7、《敦煌吐鲁番文书论丛》，获教育部第三届中国高校人文社会科学优秀成果奖二等奖，2003年7月；

　　8、《日本宁乐美术馆藏吐鲁番文书》，获湖北省第三届人文社会科学优秀成果奖三等奖，2001年1月；

　　9、《中国人口史·隋唐五代时期》，湖北省第四届人文社会科学研究优秀成果奖三等奖，2004年10月。

　　10、《中国人口史》（1-6卷，葛剑雄主编，冻国栋教授撰写第二卷，排名第二），第四届中国高校人文社会科学优秀成果一等奖，2006年12月；首届中国出版政府奖提名奖，2007年11月；

　　11、《中国中古经济与社会史论丛》，获武汉大学第十一届人文社科研究优秀成果一等奖 ，2007年12月；

　　12、《唐代安西都护府对龟兹的治理》（论文），获武汉大学第十一届人文社科研究优秀成果二等奖 ，2007年12月；

　　13、《唐代大赦行政职能研究》（系列论文），获武汉大学第十一届人文社科研究优秀成果二等奖 ，2007年12月；