武汉大学中国三至九世纪研究所由著名历史学家唐长孺教授(1911-1994)亲自组建并创办，前身为1961年创立的魏晋南北朝隋唐史研究室，1980年经教育部(时为国家教委)批准正式建所（84教高一字007号）。1981年，成为国家授予的首批中国古代史博士点之一，1988年，又经教育部批准为国家重点学科。

　　本所的缔造者唐长孺教授，早年从事辽、金、元史的研究，其后转入魏晋南北朝隋唐史研究领域，先后撰著并出版了《魏晋南北朝史论丛》、《魏晋南北朝史论丛续编》、《三至六世纪江南大土地所有制的发展》、《魏晋南北朝史论拾遗》、《唐书兵志笺正》、《山居存稿》、《魏晋南北朝隋唐史三论》等重要学术论著，其学术结论广为国内外学术界所称引，蜚声于国际史坛，为武大中国古代史学科的创立、建设与发展做出了突出的贡献。

　　本所继承和发扬唐长孺先生等老一辈学者所倡导的优良学风，严谨踏实，开拓创新，早已形成三个稳定的研究方向：魏晋南北朝史、隋唐五代史、敦煌吐鲁番文书整理与研究。在学术研究、人才培养、对外交流等方面，成就卓著，陆续向学术界推出了一批厚重扎实的高水平研究成果（详后），屡获国家相关人文社科成果奖大奖（详后）；又以每年两辑的学术集刊《魏晋南北朝隋唐史资料》(目前已出至四十七辑，2005年首批入选CSSCI来源集刊，2023年被评为“中国人文社会科学集刊AMI综合评价核心集刊”)，向学术界展示本所同仁的最新研究成果。学术成果受到国内外史学界高度关注，被史学界誉为国内外中国中古史研究的重镇之一。

　　曾经在本所工作过的学者有陈仲安教授(1922-1993)、黄惠贤教授、陈国灿教授、卢开万教授、杨德炳教授、鲁才全教授、朱雷教授、牟发松教授 、孙继民教授、何德章教授等，目前在职的学者有冻国栋教授(所长)、刘安志教授、魏斌教授、吕博教授、朱海副教授、姜望来副教授、黄楼副教授等。